进一步的证据支持SARS-CoV-2基因可以与人类DNA整合的说法

《科学》杂志的COVID-19报道得到了Heising-Simons基金会的支持。一个由知名科学家组成的团队再次证实了其有争议的假设，即大流行性冠状病毒的基因位可以整合到我们的染色体上，并在感染结束后长期存在。如果他们是对的，这可以解释这样一个罕见的发现，即人们可以从COVID-19中恢复健康，但几个月后又对SARS-CoV-2检测呈阳性（复阳）。Jaenisch说："我们现在有明确的证据表明冠状病毒的序列可以整合到基因组中。"

领导这项工作的干细胞生物学家Rudolf Jaenisch和麻省理工学院的基因调控专家Richard Young在2020年12月引发了一场Twitter风暴，当时他们的团队在bioRxiv的预印本中首次提出了这个想法。研究人员强调，病毒整合并不意味着从COVID-19康复的人仍然具有传染性。但批评者指责他们煽动了毫无根据的对疫苗的恐惧，即基于信使RNA（mRNA）的COVID-19疫苗可能以某种方式改变人类DNA。

引起COVID-19的SARS-CoV-2病毒有由RNA组成的基因，Jaenisch、Young和合著者认为，在罕见的情况下，人类细胞中的一种酶可能将病毒序列复制成DNA，并将其附在我们的染色体之中。这种酶即逆转录酶，是由LINE-1元素编码的，这些序列占人类基因组的17%，代表了古代逆转录病毒感染的遗迹。在他们的原始预印本中，研究人员提出了试管证据，即当添加了额外的LINE-1元素的人类细胞被冠状病毒感染时，SARS-CoV-2的DNA版本序列会依附于细胞的染色体。

许多专门研究LINE-1元素和其他 "逆转录基因"的研究人员认为这些数据太过单薄，无法支持这一说法。康奈尔大学研究人类基因组中内源性逆转录病毒块的Cedric Feschotte说："如果我有这些数据，我当时就不会提交任何出版物。"他和其他人还表示，他们期望像Jaenisch和Young这样的科学家能做出更高质量的工作。在随后的两项研究中，批评者提出了证据，证明所谓的人类和病毒DNA痕迹的嵌合体正是由该小组用来扫描染色体的技术所产生的。正如一份报告所总结的那样，人类-病毒序列 "更有可能是一种方法学产品，[原文如此]而不是真正的反转录、整合和表达的结果"。

在他们的新论文中，Jaenisch、Young及其同事承认，他们使用的技术意外地创造了人类-病毒嵌合体。"我认为这是一个有效的观点，" Jaenisch补充说，当他们第一次向一家杂志提交论文时，他们知道它需要更有说服力的数据，他们希望在审查过程中添加这些数据。但是该杂志和许多杂志一样，要求作者立即将所有COVID-19的结果发布到一个预印本服务器上。"我也许应该说我不会把它放在bioRxiv上。这是个错误的判断，"Jaenisch说。

在新的PNAS论文中，该团队提供了证据，证明仅靠人工制品不能解释检测到的病毒-人类嵌合DNA的水平。科学家们还表明，部分LINE-1元素在整合后的病毒基因序列两侧，进一步支持了他们的假说。他们还与最初的怀疑论者之一、美国国家癌症研究所的Stephen Hughes合作，后者提出了一个实验，根据整合后的病毒序列相对于人类序列的方向，澄清整合是真实的还是实验过程中的干扰。新论文的共同作者Hughes说，结果支持原来的假设。"他说："这种分析已经证明是很重要的。"

"细胞培养中的整合数据比预印本中提出的要有说服力得多，但它仍然不是完全干净的，"Feschotte说，他现在称Jaenisch和Young的假说为 "可信的"。但他指出，SARS-CoV-2也可以在一个人体内持续存在几个月而并不整合在基因里。

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https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118